都督府驻防军第六营驻守马尼拉城，并且留下一万日本国仆从军，继续对吕宋各地进行清剿及巡逻，自己则率领北洋舰队、东洋舰队，以及明军、仆从军主力出发，朝着爪哇方向杀去。